Pirmoreiz ideju izveidot Daugavpilī muzeju izteica 1925. g. literāts, žurnālists, pedagogs un izdevējs Arsenijs Formakovs laikrakstā “Dvinskij Golos”. 1926. gadā vēsturnieks un Daugavpils pilsētas domes deputāts Boļeslavs Brežgo Latgales presē atgriezās pie jautājuma par Latgales novada muzeja izveidi. Pamatu šim muzejam varēja veidot Daugavpils Skolotāju institūta savāktā arheoloģijas un etnogrāfijas priekšmetu kolekcija. 

1933. g. Daugavpils Valsts skolotāju institūta telpās bija atklāta Latgales tautas mākslas izstāde, kuru izveidoja mākslinieks, pedagogs un arheologs Oskars Kalējs (1902-1993). Pēc šīs izstādes O. Kalējs, turpinot Daugavpils un Latgales vēstures un mākslas popularizāciju, uzsāka darbu pie muzeja izveidošanas Daugavpilī. Šis darbs vainagojas ar Valsts Vēstures muzeja Daugavpils nodaļas atklāšanu 1938. g. 30. maijā – datums, kuru muzejs svin kā savu dzimšanas dienu.

Daugavpils pašvaldība muzeja izveidei atvēlēja telpas divstāvu ēkā Saules ielā 5/7. Finansiālu atbalstu muzeja izveidei sniedza Latvijas Kultūras fonds. Ekspozīcija bija izvietota 3 zālēs. Muzeja dibinātājs O. Kalējs kļuva arī par tā pirmo direktoru.


    Daugavpils muzeja atklāšana. 1938.g. 30. maijā.Centrā: Oskars Kalējs un prof.Tentelis, no labās pilsētas galva A.Švirksts.

O. Kalējs organizēja aktīvu muzeja eksponātu vākšanu. 1939. gadā bagātīgi tika papildināta muzeja arheoloģijas kolekcija ar priekšmetiem, kurus ieguva Dvietes upes, Lubānas ezera un Jersikas pilskalna arheoloģisko izrakumu laikā. Kopā tika atrasti 2481 priekšmets. 

1940. gada 9. jūnijā, Latgales dziesmu svētku priekšvakarā, notika Daugavpils muzeja paplašinātās ekspozīcijas atklāšana. Šī ekspozīcija bija izvietota deviņās zālēs, kurās tika eksponētas akmens laikmeta – 13. gs. senlietas, Jersikas un Dignājas pilskalnu arheoloģisko izrakumu atradumi, tautas tērpi, audumi, plaša keramikas kolekcija. Vienlaikus ar vēstures ekspozīcijām tika atklāta arī mākslas galerija. 

Pēc Latvijas padomju okupācijas un aneksijas 1940. g. muzeja darbības virzieni mainījās un tika atklātas jaunas nodaļas – revolūcijas un mākslas. Otrā pasaules kara laikā, nacistiskās okupācijas laikā, muzejs tika slēgts, liela daļa eksponātu tika zaudēta un muzejs atsaka savu darbību tikai 1944. g., kā Daugavpils Valsts vēstures muzejs, bet no 1945. g. kā Daugavpils Novadpētniecības muzejs. Šajā laika posmā muzejs vairākkārt mainīja savu izvietojumu. 1949. g. muzeja krājumā bija 3128 vienības.

Pateicoties novada iedzīvotājiem, muzeja krājuma kolekcijas strauji palielinājās un 1959. gadā tās sastādīja vairāk nekā 20000 vienību. Bija nepieciešamas jaunas ekspozīciju telpas, un 1959. gadā muzejs tika pārcelts uz jūgendstila ēku Rīgas ielā 8, kur tas atrodas vēl šodien. 1967. gadā Daugavpils Novadpētniecības muzejam tika nodota ēka Muzeja ielā 7, kurā tika izveidots kultūrvēstures ekspozīcijas turpinājums un izstāžu zāle. Ēkas tika apvienotas vienā ēkā, un muzejs kļuva par Daugavpils Novadpētniecības un mākslas muzeju.

 

Šo divu ēku komplekss bija būvēts 19. gs. beigās – 20. gs. sākumā. To celtniecības gadus nevar noteikt precīzi – diemžēl neizdevās atrast nekādus dokumentus par ēku būvniecību. 1918. gadā muzeja ēku izmantoja vācu karaspēks, Brīvības cīņu laikā – citi dažādi militārie un politiskie spēki, bet 1920. g. muzeja ēkā atradās Latgales apgabala pārvalde. Tieši šajā ēkā 1920. g. 9. aprīlī Rainis un Aspazija, atgriežoties no emigrācijas, atpūtās Latgales apgabala priekšnieka dzīvoklī. Šim notikumam veltīta piemiņas plāksne pie ieejas muzejā. 1921.-1940. gados ēkā atradās Zemgales divīzijas štābs, intendantūra un citi kara resora dienesti. Otrā pasaules kara laikā no 1941. līdz 1944. g. muzeja ēkā atradās kara hospitālis, pēc kara un 1950.-tos gados – dzīvojamā ēka, Daugavpils garnizona kara prokurora telpas un Daugavpils rajona Dzīvokļu ekspluatācijas daļa. Bet kopš 1959. g. 19. jūlija šeit atrodas Daugavpils Novadpētniecības un mākslas muzejs.