Muzejā pastāvīgās kultūrvēstures un dabas ekspozīcijas, L.Baulina mākslas zāle un P.Hudobčjonka darbu izstāde “Dvinskas stāsti” veido Daugavpils muzeja īpatnējo tēlu Latgales un Latvijas muzeju vidū. 
Pastāvīgā ekspozīcija “Daugavpils novada kultūrvēsture” sniedz ieskatu novada vēsturē sākot ar 9.g.t.p.m.ē. līdz 1991.gadam un iepazīstina ar Daugavpils novada attīstību kultūrvēsturisko procesu kontekstā, pievēršot uzmanību novada specifiskajām īpatnībām. Pēc muzeja attīstības koncepcijas tiks izveidota pilnīga vēsturiskā ekspozīcija no senākiem laikiem līdz mūsu dienām. 
Pastāvīgā ekspozīcija “Daugavpils novada daba” iepazīstina ar novadam raksturīgākajiem biotopiem un papildina kultūrvēstures ekspozīciju, veidojot vienotu priekšstatu par Daugavpils novadu. 
Muzeja pamatekspozīcijas un daudzveidīgās stacionārās un ceļojošās kultūrvēstures, mākslas un dabas izstādes veicina krājuma pieejamību visiem interesentiem, sekmē kultūrvēsturiskā mantojuma un mūsdienu pieredzes apzināšanu, veicina sabiedrības interesi un izpratni par Daugavpils novadu.